Na program Makatonu składają się dwie grupy Słownictwa: Słownictwo Podstawowe i Słownictwo Dodatkowe.
 

SŁOWNICTWO PODSTAWOWE (rdzeń metody), czyli podstawowe pojęcia dnia codziennego usystematyzowane są w serie poszczególnych poziomów od 1 – 8 (ok. 450 pojęć), uzupełnione w dodatkowy fakultatywny poziom 9, obecnie nazywany Dodatkiem. Słownictwo Podstawowe uczone jest jako pierwsze i stanowi podstawę programu.

Słownictwo Podstawowe jest listą słów, które dzieci uczą się rozumieć i wymawiać jako pierwsze. W Polsce słownictwo zostało dobrane na podstawie kilkuletnich badań eksperymentalnych. Badania prowadzone w wielu krajach nad słownikiem małego dziecka pokazują, że pierwsze 350 słów w większości krajów europejskich jest podobne (dotyczy codziennych czynności i najbliższej rodziny), a zatem uszeregowanie w Makatonie słownictwa w poziomy stanowi wskazówkę dotyczącą zakresu podstawowego słownictwa, które jest wspólne dla większości dzieci.

Lista pojęć (na podstawie, której powstał również polski FORMULARZ ZAPISU KOMUNIKACJI DZIECKA; zob. sklepik) pomaga zachować równowagę pomiędzy różnymi formami gramatycznymi, jakich uczy się dzieci w celu komunikacji. Muszą one poznać rzeczowniki, czasowniki, przymiotniki oraz inne części mowy, aby były w stanie wyrażać swoje potrzeby, zainteresowania a następnie łączyć pojedyncze słowa w proste wyrażenia.

Pracując ze Słownictwem Podstawowym pamiętać należy o indywidualnych potrzebach dziecka. Do każdego z poziomów można dodać słowa, które dziecko rozumie, bądź których używa, a których w słownictwie Makatonu nie ma oraz można dopisać imiona członków rodziny. Poziomy stanowią ułatwienie w nauce i nie są strukturą konieczną. Można uczyć konkretnych pojęć z poziomów w sposób podobny do Słownictwa Dodatkowego, tj. wybierając pojęcia tematycznie.

Dodatkowym ułatwieniem jakie tworzy konstrukcja Słownictwa Makaton jest możliwość opracowania na jej podstawie Formularza Zapisów Postępów (tzw. list kontrolnych). Stanowi on praktyczną pomoc dla rodziców i specjalistów w obserwacji postępów dziecka/dorosłego. Jest również pomocny w planowaniu systematycznego nauczania języka.

Dziecko uczy się mówić podczas wszystkich interakcji odbywających się każdego dnia, a najważniejszy wpływ na postęp wywiera jakość oraz ilość codziennej mowy, w której dziecko bierze udział. Niemniej jednak, oprócz tego, jak wynika z badań, nauczanie zaplanowanego słownictwa jest również bardzo istotne, szczególnie w przypadku dzieci niepełnosprawnych intelektualnie, których dostęp do interakcji jest utrudniony. Lista pojęć umożliwia nauczenie słownictwa wspólnego wszystkim (również sprawnym) dzieciom.

SŁOWNICTWO DODATKOWE (rozszerzenie tematyczne) jest słownictwem otwartym tj. uzupełnianym nowymi pojęciami i usystematyzowanym tematycznie (ok. 7000 pojęć). Jest to słownictwo pokrywające rozległe zainteresowania użytkowników. Stanowi rozszerzone źródło dla Słownictwa Podstawowego.